Plusieurs pistes de travail doivent être explorées :

• Controverse au sein de la communauté des producteurs de connaissances scientifiques : sur quels fondements scientifiques s’appuient les diverses opinions ? Quels chercheurs ou ingénieurs, de quels pays, de quelles disciplines scientifiques, financés par quelles institutions ? Quelles hypothèses ou théories ? Quels types de données ? Quelles méthodes de recherche ? Liens entre les chercheurs de différentes disciplines ?
• Extension de la controverse hors du monde scientifique, relais entre les producteurs de connaissance et le monde non scientifique : sponsors, investisseurs, mandataires multiples, grand public ? Quels argumentaires, projets de recherche, voire publicité ? Articles dans les journaux professionnels, conférences de presse sur le génome humain pour lesquelles on trouve à la fois des articles dans Science magazine, dans le Wall Street Journal et dans l’Osservatore Romano, le journal du Vatican. Les connections peuvent être très hétéroclites : les alliés, porte-parole, employeurs ou opposants des chercheurs spécialisés. Chacun de ces groupes – souvent plus nombreux que les producteurs de connaissances – ont eux-mêmes des intérêts, des valeurs, des visions du monde et ils s’emparent des données en fonction de visions politiques ou même parfois anthropologiques qu’il faut reconstituer car elles donnent souvent la clef de la controverse.
• Mise en forme de la controverse : les possibilités sont variées et dépendent de la controverse ; elles sont importantes pour l’analyse car elles permettent de repérer comment la controverse est analysée par les protagonistes eux-mêmes. Campagne d’expériences organisée par une institution savante (exemple : expédition dans l’Antarctique devant arbitrer entre deux méthodes de forage sur une grande profondeur dans des conditions de froid extrême) ; campagne de presse ; débat public organisé par la commission nationale du débat public (exemple : EPR/Penly3) ; show télévisé ; panel lors d’un congrès scientifique ; mission d’information parlementaire (exemple : Médiator) ; mobilisation des citoyens (exemple : études de Que choisir sur les nitrates dans lesquelles les lecteurs devaient analyser eux-mêmes la qualité de l’eau de leur robinet et envoyer les données) ; pétition ; manifestation (exemple : manifestation scénarisée de l’association « Alliance pour la vie » devant le sénat en janvier 2011 lors de la discussion d’une proposition de loi relative à l’aide active à mourir) ; action violente (par exemple la destruction des champs d’OGM).
• Dynamique de la controverse : rendre compte des transformations de la controverse au cours du temps, en tentant d’en expliciter les raisons. Presque toujours, le contenu même de la controverse change, elle s’amplifie, s’atténue, devient publique, redevient spécialisée, tombe dans l’oubli, se métamorphose en tout autre chose ou même, cela peut arriver, elle se trouve close par quelque expérience décisive.