Avec Philippe Even, président de l’Institut Necker, il a été chargé par le président de la République de faire des propositions de réforme du système de contrôle de l’efficacité et de la sécurité des médicaments suite au scandale du Mediator. Dans leur rapport remis en mars 2011, ils proposent des changements de structure, de fonctionnement et d’état d’esprit fondés sur huit principes dont l’ « éthique » en privilégiant l’intérêt des malades plutôt que celui de l’industrie et l’ « exigence à l’égard des essais cliniques de l’industrie pharmaceutique » qui devra, chaque fois que possible, comparer ses molécules nouvelles aux traitements antérieurs et apporter le maximum de preuves de leur valeur ajoutée et de leur innocuité, trop souvent négligée.
En 2012, il est l’auteur avec le professeur Even d’un livre controversé intitulé “Guide des 4000 médicaments utiles, inutiles ou dangereux”. Ils critiquent dans ce livre le système actuel dirigé par l'administration et parle de “médecine robotisée” et de patients “cobayes”. Ils ont été sanctionnés par l’Ordre des médecins par un an d’interdiction d’exercer la médecine dont six mois avec sursis.
En 2012, il est l’auteur avec le professeur Even d’un livre controversé intitulé “Guide des 4000 médicaments utiles, inutiles ou dangereux”. Ils critiquent dans ce livre le système actuel dirigé par l'administration et parle de “médecine robotisée” et de patients “cobayes”. Ils ont été sanctionnés par l’Ordre des médecins par un an d’interdiction d’exercer la médecine dont six mois avec sursis.
Nous l’avons rencontré en janvier 2015 au sujet des protocoles médicaux et des essais cliniques en France. Selon lui les protocoles médicaux sont indispensables dans la mesure où ils assurent aux patients le meilleur traitement existant. Cependant, il ne faut pas « interdire le hors-protocole » afin d’éviter que la médecine ne devienne automatique et que le dialogue entre le médecin et son patient disparaisse. D’autre part, il critique le système actuel de mise en place des essais cliniques qui bien souvent se fait au profit des grands groupes pharmaceutiques. Il dénonce notamment le nombre excessif de protocoles de recherche signés par certains médecins qu'ils qualifient de « spécialistes de la signature » qui n’apportent que leur nom et leur réputation sans se soucier des conditions de mise en place des essais et de leur intérêt pour la santé des patients. L’autre aspect critiqué par M. Debré concernant les essais cliniques sont les essais contre placebo qui dans le cas de pathologies graves mettent en danger la vie des patients. Pour ces pathologies, seuls les essais contre le traitement déjà utilisé devraient être autorisés. Il s’oppose cependant à Nicole Delépine qui selon lui n’a jusqu’à maintenant apporté aucune preuve des bénéfices du traitement qu’elle propose.