L' A.F.S.S.A., créée le 1er avril 1999, occupe une position originale dans le dispositif de veille sanitaire. Elle est dans ce champ, le seul établissement dont la finalité principale soit l'évaluation du risque.

Sous la triple tutelle des Ministère de la Santé, Ministère de l'Agriculture et de la Pêche et Ministère de la Consommation, elle évalue les risques sanitaires et nutritionnels des aliments destinés à l'homme et à l'animal en France.

Trois missions principales peuvent être dégagées :

• une mission d'évaluation des risques nutritionnels et sanitaires dont le champ très large concerne toutes les catégories d'aliments destinés à l'homme ou à l'animal. Il intègre l'ensemble de la chaîne alimentaire et s'exerce sur chacune de ses étapes, de la production à la consommation.
• une mission de recherche et d'appui scientifique notamment en matière de santé animale et de maladies d'origine animales.
• des responsabilités spécifiques en matière de médicament vétérinaire, notamment le pouvoir de délivrer, de suspendre ou retirer les autorisations de mise sur le marché des médicaments vétérinaires.

Etablissement public à compétence sanitaire, l'agence a un rôle de veille et d'alerte sans pouvoirs de contrôle direct ni de police sanitaire qui relèvent des ministères concernés sauf pour ce qui est du médicament vétérinaire. L'agence émet des avis, formule des recommandations, accomplit des recherches, fournit l'expertise dans le cadre de l'appui scientifique et technique, mène des actions d'information ou de formation.

Elle a accès à toutes les informations nécessaires pour exercer ses missions. Pour tout ce qui relève de la sécurité sanitaire des aliments, elle est consultée systématiquement sur tous les projets réglementaires et législatifs de son champ de compétence.

Enfin, elle a la faculté de s'autosaisir ou de l'être par les ministères et par les associations agréées de consommateurs.