1998-2004 : Ouverture démocratique de la controverse
Cette période est marquée par 2 événements majeurs : l'amendement Bonrepaux qui vise à capturer les ours réintroduits, et la crise interne de l'IPHB. En outre, le gouvernement change quelque peu sa position : il s'engage à . faire le minimum, à savoir réconcilier tous les acteurs autour d'une population minimale (voire inexistante) d'ours et s'oppose à d'autres réintroductions.
1999 : Mise en place par l'ADET d'un programme de valorisation des productions locales respectueuses de l'environnement.
2000 : Amendement Bonrepaux ayant pour but la capture des ours réintroduits . En réponse, les associations protectrices des ours réunissent 84000 signatures pour le maintien des ours.
La « marche pour l'ours » réunit plus de 1000 personnes qui défilent à St Gaudens contre l'amendement Bonrepaux. Le 20 juillet, le Conseil Constitutionnel censure l'amendement Bonrepaux .
24/6/2000 : Le débat public à Toulouse marque véritablement l'ouverture démocratique du débat.
2001 : Mélange des ours slovènes et de souche. C'est la fin du cloisonnement des dossiers Pyrénées Centrales/Haut Béarn.
Crise au sein de l'IPHB, le président Jean Lassalle démissionne . La concertation calme et constructive est rompue. C'est l'échec de cette institution.
La Commission Européenne refuse d'attribuer les fonds prévus pour le projet LIFE , « Grande Faune Européenne », estimant que les désignations des sites Natura 2000 sont insuffisantes.
2002 : Le 8/10, Roselyne Bachelot, ministre de l'Ecologie et du Développement Durable , déclare au Sénat qu'elle veut réconcilier les parties autour d'une présence minimale de l'ours, qu'elle ne garantit d'ailleurs pas du tout .
20/1/2003 : Un sondage (IFOP pour l' ADET et le WWF France) révèle que 58 % des pyrénéens vivant en haute montagne sont favorables à la réintroduction des ours (70 % des moins de 35 ans).
12/2/2003 : France Nature Environnement remet à la ministre de l'Ecologie et du Développement Durable le « Manifeste pour la préservation de l'Ours Brun en France. »
2004 : Roselyne Bachelot déclare : « La réintroduction de nouveaux ours n'est pas à l'ordre du jour. »
En mai, 2 battues à l'ours sont organisées totalement illégalement mais avec la participation du Président du Conseil Général et Député Augustin Bonrepaux .
25/07/2004 : Mort de vieillesse de Papillon, 30 ans, un des derniers ours de souche pyrénéenne.
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