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La justice des États membres de la Convention sur le Brevet Européen possèdent le pouvoir en dernier recours de décider si le logiciel est une invention brevetable pour chaque affaire de contestation de brevet mettant en jeu un logiciel.
Cependant, il est à remarquer que si des brevets mettant en oeuvre des programmes d'ordinateur ont été massivement déposés auprès de l'Office Européen des Brevets, dans leur majorité ils n'ont pas été testés en justice, c'est-à-dire que du fait qu'ils sont en général peu utilisés il n'ont pas servi dans des procès en contestation ou en contrefaçon. Ainsi, on trouve peu de documents concernant les positions de la justice française sur les inventions dans le domaine du logiciel.
Les institutions européennes ont récemment lancé des consultations afin de proposer un texte plaçant les affaires de contestation de brevets sous la juridiction d'une nouvelle cour européenne proche de l'OEB, ce qui aurait pour effet d'ôter tout pouvoir aux législations et aux jurisprudences nationales.
Les différents acteurs opposés aux brevets logiciels craignent que la jurisprudence et les directives de l'OEB, qui n'ont jamais été discutées ni votées dans une institution possédant un pouvoir législatif légitime en Europe, aient force de loi pour juger de ce qu'est une invention brevetable.