L’essor des neurosciences pose de nombreuses questions éthiques et morales. D’abord, un premier point de controverse se pose sur la définition correcte de ce qu’est l’intelligence, et en conséquence le champ d’action des neurosciences. L’apprentissage en est-elle une forme, tout comme la mémorisation ? Ou bien l’intelligence n’est que la somme des données que nous avons accumulé depuis la naissance et l’utilisation que nous en faisons ? Ensuite, les découvertes sur le cerveau humain et les modifications que l’on peut maintenant y apporter ne sont-elles pas une forme d’eugénisme, une amélioration génétique de l’être humain pour obtenir le meilleur de ce dernier. Certaines dérives des neurosciences seraient à craindre dans ce sens (Molinatti, 2017).
Un autre débat s'article autour de la place de l’enfant dans toutes ces nouveautés. En ce sens, plusieurs points sont à aborder, comme l’expérimentation que l’on fait subir aux élèves afin de comprendre davantage le fonctionnement du cerveau de ces derniers. Les expériences en salles de classe peuvent-elles être considérées comme acceptables ? Qu'en est-il pour les batteries d’IRM sur de jeunes enfant, alors que cet examen ne reproduit en rien son environnement naturel. D'autant plus que ces deux méthodes mènent à des résultats qui peinent à être perçus comme preuve suffisante de l’impact de telle ou telle méthode neuroscientifique sur le cerveau de l'enfant ? L’apprentissage ne vient-il pas avant tout de la volonté implicite de l’enfant d’apprendre ? Les neurosciences ne serait alors qu’un moyen limité de développer quelques capacités mnémoniques chez l’élève, sans changer son envie ou son intérêt pour tel ou tel discipline.
Enfin, les méthodes uniques appliquées dans les salles de classe et basées sur les neurosciences, indépendamment de l’environnement général des élèves au sein d’une salle de classe, des enseignements et des cultures de chacun posent la question d’une certaine normativité des différents individus, où chacun peut s’adapter pleinement à une unique technique. Au delà de cette normativité, comprendre le cerveau jusqu’à un certain point ne pré-détermine pas chacun en fonction de sa physiologie cérébrale, et que l’évolution de l’enfant ne serait dû qu’à la plasticité cérébrale.