Nous l’avons vu, les moyens de lutte contre l’expansion du phénomène sont de réduire considérablement les rejets en azote par les populations. De fait, l’agriculture intensive apporte trop d’azote sur les sols.
Le bilan d’azote, effectué par le Ministère de l’Ecologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer montre que 715 000 tonnes d’azote, soit 19 % des quantités apportées par l’agriculture, restent dans le sol. Une fois transformées en nitrates, elles risquent d'être entraînées en partie par les eaux de ruissellement ou d'atteindre les nappes phréatiques par infiltration.
Avec 2,4 millions de tonnes d'azote, les engrais minéraux sont la principale source d'azote. Ils représentent en 2001 près des deux tiers des apports totaux. Les engrais minéraux sont surtout utilisés sur les grandes cultures.
Le plan quinquennal de lutte contre les algues vertes de 700 000€ a été mis en place en février 2010 visant d’une part à ramasser quotidiennement les algues échouées et d’autre part à limiter les flux d’azote vers les côtes.
Selon les collectivités locales, ce montant ne couvrira que 50% de la note du ramassage, sans compter l’indemnisation des agriculteurs dont les méthodes d’élevages devront être transformées.
Comme le signale la carte, la Bretagne possède la plus grande infiltration de nitrate dans les sols. En effet, l’azote utilisé dans les engrais est au cours de la culture lessivé au-delà de la profondeur d’enracinement et se retrouve dans les cours d’eau environnants.
Ainsi, l’agriculture intensive bretonne est pointée du doigt par le gouvernement et les associations pour la lutte contre la prolifération des algues vertes. En effet, elle rejette sous deux formes différentes de l’azote dans les sols : utilisation de fertilisants et épandage des lisiers de porcs. L’action proposée par le gouvernement pour réduire les taux d’azote dans les sols concerne principalement un changement radical des pratiques agricoles. En effet, l’objectif est d’atteindre un taux de 10 mg/L de nitrates dans les eaux de rivières se jetant dans la mer contre 37 mg/L actuellement. A titre d’information, l’eau de consommation n’est plus considérée comme potable au-delà de 50 mg/L de nitrates selon les normes de l’Organisation mondiale de la santé.
A échéance en 2015, le gouvernement espère atteindre une réduction des flux de nitrates de 30 à 40 %.
L’azote est considéré comme étant un facteur limitant la croissance des algues et sur lequel il est possible d’agir à moyen terme (moyennant l’inertie du milieu ~10ans). C’est pourquoi les mesures prises visent principalement le milieu agricole qui se sent accusé à tort. Certes leurs pratiques agricoles rejettent dans le milieu des nitrates en grande quantités mais elles leur sont nécessaires pour suivre la demande du marché. Ainsi, tous s’accordent pour dire qu’il faut agir afin de résorber le problème des algues vertes. Pour autant, ils ne sont pas prêts à abandonner totalement l’utilisation de fertilisants et plus généralement le concept d’agriculture intensive. Un tel taux de 10 mg/L de nitrates est considéré comme inatteignable par les agriculteurs mais également les associations environnementales.
Des modèles de l’évolution de la région ont été émis par les agences gouvernementales (ANSES, IFREMER et CEVA). Tous les modèles insistent sur la dépendance non-linéaire des effets observés en fonction des actions menées. Sur les sites des grandes marées vertes, depuis que la concentration en nitrate des rivières a dépassé 15 mg/l, les sites sont saturés et produisent déjà leur maximum d’algues vertes. Pour autant, il ne faut pas espérer d’effets visibles des 50 premiers pourcents de réduction de la teneur actuelle en nitrate des rivières concernées. En prenant en compte l’inertie du milieu, le plan quinquennal de prévention des marées vertes semble non réaliste.
La gêne occasionnée par ces échouages massifs d’algues vertes sur les plages bretonnes est principalement d’ordre touristique. En effet, l’aspect peu esthétique de ces grandes étendues vertes est peu attractif pour les touristes.
Pour autant, il ne faut pas oublier qu’être au contact avec les algues en putréfaction est dangereux pour la santé en ce sens qu’elles dégagent un gaz nocif : le sulfure de dihydrogène. En effet, en 2009, elles ont causé la mort d’un cheval et le coma de son cavalier. Néanmoins, ces mêmes dangers sont contestés par certains pour qui le contact avec les algues vertes ne pose pas de problème apparent.