Il s’agit d’un des deux algorithmes au centre de la controverse. Affelnet permet de classer classer les vœux d’orientation de tous les élèves de troisième afin de leur proposer une place dans un lycée. De cette façon, les places sont équitablement attribuées. Selon les académies, l’élève et sa famille ont la possibilité d’inscrire jusqu'à 8 voeux. Ces voeux correspondent à un établissement, sauf pour la filière professionnelle où ils correspondent à une formation spécifique dans un établissement. L’élève aura une place attribuée dans celui-ci en fonction de sa capacité d’accueil. L'algorithme a été mis en place en 2008

        De la même façon qu’APB, les paramètres de l’algorithme qui sont remis en question.  L’algorithme Affelnet prend en compte le lieu d’habitation, les résultats scolaires, et l’éventuel statut de boursier comme principaux paramètres. Néanmoins, le barème et les critères sont spécifiques à chaque académie. Les parents et les élèves doivent donc se renseigner minutieusement sur les caractéristiques précises du fonctionnement d’Affelnet dans leur académie.