Premièrement, les variables prises en compte par les algorithmes et leur poids respectif restent assez flous : chercheurs (Grenet, Fack, Piketty), think tank et associations (TerraNova, Droits des Lycéens), ou encore élèves/étudiants et leurs parents mettent en question la légalité et de la transparence de tels logiciels d’appariement. La loi de la République Numérique de 2016 prône une plus grande transparence de ces algorithmes face aux contestations grandissantes de leur opacité. Toutefois, le manque d’information maintenu par certains politiques (sénateurs, recteurs, députés, Ministre de l’Enseignement Supérieur) créée à la fois un manque de confiance dans ces algorithmes et donc des contestations - au sein même de la sphère politique - , mais aussi des inégalités, car seuls les plus informés peuvent procéder à des “stratégies d’évitement”, comme l’a évoqué Grenet, et à une utilisation optimale de ces outils.

       L’Association Droits des Lycéens s’est alors saisie de la question et est parvenue à obtenir la publication d’une partie du code de l’algorithme APB après saisine de la CADA. Néanmoins, les documents communiqués par le ministère ne permettent pas réellement de pallier l’opacité de l’algorithme et cela témoigne du fait qu’il se montre assez peu coopératif - sa posture étant par exemple jugée “scandaleuse” par Piketty - laissant le débat quant à la non transparence de tels algorithmes quasi intact.

        Par ailleurs, l’utilisation d’algorithmes d’allocation des élèves soulève la question de la sélection et des inégalités sociales et scolaires qu’elle peut engendrer. Le choix des critères d’affectation, compétence attribuée au recteur d’académie, est au centre du débat, provoquant de vives tensions entre les secteurs privé et public. Par exemple, Julien Grenet qui est chargé de recherche au CNRS, dans ses études sur Affelnet, a mis en exergue le rôle prépondérant des critères qui sont choisis, car ces derniers peuvent permettre de favoriser la mixité scolaire et sociale ou, au contraire, la freiner. D’autres, comme Clément Baillon, fondateur et ancien directeur de l’Association Droits des Lycéens, pensent qu’APB n’est que l’outil qui permet l’affectation des élèves : les algorithmes n’auraient pas d’impact sur la mixité. En ce sens, l’inefficacité relative des algorithmes d’affectation ne serait donc pas due aux algorithmes en eux-mêmes mais serait révélatrice d’un déterminisme social latent, notamment dans l’orientation.