Le fonctionnement des algorithmes ayant pour but de favoriser la mixité scolaire et sociale, entraine dans certaines situations une ségrégation entre les utilisateurs des algorithmes : situation paradoxale quant aux objectifs initiaux. Pour le sociologue Pierre Merle, alors qu’il s’agit d’une réalité sociale incontestable, la «ségrégation scolaire» est largement ignorée par les médias et les politiques ou encore volontairement occultée dans les rapports officiels de l’Education nationale. Pour lui, il s’agit d’un processus de séparation des individus qui est certes choisi pour certains, mais subi pour d’autres. Or, c’est cette séparation sociale et scolaire qui est dénoncée par de nombreux chercheurs et spécifiquement par Thomas Piketty et Julien Grenet. Tout d'abord, ce sont  les critères d'affectation eux mêmes qui  sont remis en cause en ce qui concerne notamment  leur équité, amenant ainsi à la remise en question des algorithmes eux-mêmes. 
Le gouvernement a aussi tenté de faire obstacle à cette ségrégation grâce à différents projets et notamment avec la mise en place d’une carte scolaire qu’ils ont assoupli et qu'ils considèrent ainsi plus juste. En introduisant de nouveaux critères de dérogation, favorables à la mixité sociale et en faveur des élèves boursiers sociaux et boursiers au mérite, la carte scolaire est supposée, pour Julien Grenet et Luc Pham, réduire la ségrégation sociale et scolaire. Néanmoins, cette carte scolaire a été très contestée, notamment par les parents d’élèves, qui voient en elle la raison pour laquelle leurs demandes d’affectation restent insatisfaites. Ces derniers ont ainsi développé des stratégies pour éviter certains établissements et sont nombreux à se tourner vers el secteur privé.

Les trois points ci-dessous reprennent ainsi ces problématiques principales.

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