Professeur des universités à Rennes, il est directeur du Centre de Recherches en Psychologie, Cognition et Communication. Il mène des recherches sur l'apprentissage de la lecture, et confronte l'apprentissage implicite et intentionnel. Il mène également des études comparatives des apprentissages (interlangues...). Il est encore directeur de la méthode d'apprentissage de la lecture Crocolivre, éditée chez Nathan.
Jean Emile Gombert est en outre responsable du test de lecture de la JAPD. C'est justement en analysant les résultats de ce test, ainsi que ceux du test passé à l'entrée de la 6ème, qu'il appelle à relativiser l'importance du rôle des méthodes d'apprentissage de la lecture. En effet, ces tests révèlent que, si 11% des jeunes français sont en grande difficulté avec l'écrit, c'est le cas de 14,2% des jeunes gens et de 7,8% des jeunes filles. De plus, les tests de 6ème montrent que les résultats moyens des élèves de ZEP en français et de 11 points inférieur à celui des autres élèves. Ainsi, selon lui, « à moins que les filles ne bénéficient pas des mêmes méthodes de lecture que les garçons, et que les élèves des quartiers « sensibles » soient tous soumis à une méthode « globale pure » dévastatrice, la querelle sur les méthodes de lecture est seconde. »
Il insiste néanmoins, au niveau des méthodes d'apprentissage, sur l'importance de l'apprentissage explicites des relations graphophonologiques, mais sans tenir la recherche du sens à l'écart : selon lui, l'apprentissage de la lecture ne doit délaisser ni le sens, ni la phonologie. Il estime également qu'un travail sur la phonologie doit être inclus dans la préparation à l'apprentissage de la lecture à l'école maternelle. A ceux qui affirment que le décodage empêche de comprendre ce qu'on « lit », il répond que ce n'est pas le traitement du code alphabétique en lui-même qui fait obstacle à la compréhension, mais le fait d'y consacrer toute son attention. L'enjeu n'est donc pas de contourner l'indispensable apprentissage du décodage, qui rend l'élève autonome, mais de le rendre tellement automatique que le lecteur pourra l'utiliser sans y consacrer trop d'attention.
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