Professeur à l'Université Libre de Bruxelles en psychologie cognitive, psycholinguiste et neuropsychologie, il dirige l'unité de recherche en neurosciences cognitives.
Il a fait partie de l'équipe qui a lancé dans les années 70 des recherches en psychologie de la lecture. Jusqu'alors, l'idée que la lecture est une fonction naturelle avait influencé la théorie et plus encore la pratique dans ce domaine. Il a notamment publié un ouvrage intitulé L'art de Lire, dont l'objet est la compréhension de la lecture et d'acquisition de la lecture, dans le but d'en améliorer la pédagogie. Il est également le co-signataire du texte Du lecteur compétent au lecteur débutant : implications des recherches en psycholinguistique cognitive et en neuropsychologie pour l'enseignement de la lecture, paru dans la Revue des sciences de l'éducation, dans lequel le processus de lecture chez le lecteur compétent et le processus d'apprentissage sont analysés afin d'en dégager les principales caractéristiques.
José de Morais fait partie du comité scientifique de l'Observatoire Nationale de la Lecture en France (ONL). Selon lui, il existe un rejet obstiné des conceptions de l'apprentissage de la lecture qui correspondent aux études scientifiques, peut-être lié à de fausses croyances sur les connotations politiques ou philosophiques de ces conceptions. Il reconnaît cependant la volonté de certains politiques de faire prendre en compte les résultats de la recherche scientifique, et souhaite les encourager dans cette voie. Il est critiqué par les défenseurs des méthodes analytiques de Freinet et Foucambert, ayant sous entendu que ces dernières n'étaient pas scientifiques. Morais est lui-même défenseur de la méthode phonique, et recommande la méthode de Dina Feitelson, qui réalise « une approche du principe alphabétique dans un contexte à la fois significatif et lié à la vie de l'enfant ».
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