D'un autre côté, nous avons les paléontologues et anthropologues qui considèrent ces résultats de manière plus générale, en les confrontant à d'autres résultats, obtenus par des méthodes d'étude différentes, comme l'anatomie. Ceux-ci reprennent les résultats des généticiens et les nuancent par la rareté de leurs sources et par le caractère contestable de ceux-ci. Par exemple, lorsque les généticiens récupèrent du matériel génétique sur les restes d'homo sapiens, ils ne peuvent pas, selon leurs détracteurs, être absolument certains qu'il ne s'agit pas de leur propre matériel génétique déposé sur le fossile pendant l'examen. Par ailleurs, l'étude des nucléotides* issus de l'ADN mitochondrial des restes néandertaliens est considérée comme peu convaincante car constituée à partir d'un échantillon trop restreint.

Comme le fait remarquer Evelyne Heyer° : « il faut prendre les hypothèses émises par ces chercheurs avec prudence. Certains aspects techniques, comme la longueur des fragments d'ADN analysés, sont à mon avis un peu “légers”. »