Les réacteurs atomiques ont toujours été attaqués sur la question de la sûreté, surtout après les deux accidents des centrales atomiques de Three Miles Island (Etats-Unis) en 1979 et Tchernobyl (Union Soviétique, actuelle Ukraine) en 1986. En effet, le premier accident est un cas de fusion partielle du coeur qui a entraîné une fuite hors de l’enceinte de confinement, provoquant des rejets de particules radioactives à des doses bien au-dessus de celles autorisées. Le second, encore plus important, est dû à l’emballement du coeur jusqu’à l’éclatement, ce qui a entraîné l’incendie du graphite de l’enceinte et l’irradiation et la libération de particules radioactives dans l’atmosphère à dose mortelle de tous les environs, importante sur toute l’Europe.
Les deux accidents nucléaires ont provoqué l'arrêt des constructions de réacteurs de par le monde.
Ces deux évènements ont provoqué l’arrêt quasi-total des programmes atomiques dans le monde entier, et relancé l’opposition au nucléaire. Même de nos jours, leur souvenir n’est pas effacé des mémoires, et les projets d’EPR s’y heurtent. En effet, malgré le fait qu'Areva ait dans la conception même de l’EPR redoublé de vigilance (les systèmes de sécurité ne sont pas seulement dédoublés mais quadruplés 19.2.1), il est jugé dangereux par les plus farouches opposants (Sortir du nucléaire et Greenpeace principalement) qui jugent que ce réacteur ne fait que répéter les erreurs du passé.12.1
Par ailleurs, est critiquée l’augmentation de la quantité de déchets à entreposer (ce qui a d’ailleurs conduit à un débat public sur la question) comme le cite le réseau Sortir du nucléaire : « L'EPR ne fera qu'augmenter encore plus la quantité de ces poisons pour lesquels il n’existe aucune solution. Pour tenter de dissimuler le problème, une décision capitale et irresponsable pourrait être prise au Parlement en 2006, autorisant l'enfouissement profond et irréversible des déchets radioactifs à vie longue à Bure, dans la Meuse, ce qui exposerait la Terre à une contamination incontrôlable. Promouvoir en France ou ailleurs une technologie EPR qui ne sait que faire de ses déchets est inacceptable ! » 19.3.2. C’est le genre d’argument qui se développe de plus en plus du fait de la prise de conscience globale de l’importance de la protection de l’environnement (voir stratégie et environnement). Par ailleurs, il est intéressant sur ce point de noter que les centrales atomiques n’émettent pas de gaz à effet de serre, contrairement à leurs homologues à charbon ou à gaz. En ce sens, l’EPR est présenté par ces promoteurs comme protecteur de l’environnement, tout en étant plus sûr que ces prédécesseurs.
Un autre point qui a fait fleurir des oppositions au projet est la polémique qui a enflé autour d’un document confidentiel dont le réseau Sortir du nucléaire avait obtenu une copie 11.1. Ce document donnait des informations sur la résistance de l’enceinte de confinement à la chute d’un avion de ligne, dans une attaque du type de celles du 11 septembre 2001 à New York 14.2. Ceci est repris à maintes reprises, du fait que des données classées confidentielles étaient concernées: "le gouvernement et EDF, pour imposer la construction du réacteur nucléaire EPR, veulent cacher aux citoyens les informations qui leur permettraient de se faire un avis sur ce réacteur. Contrairement à ce qui est avancé officiellement, le réacteur EPR n'offre pas plus de garantie de sûreté que les réacteurs actuels par rapport au risque terroriste", a indiqué à l'AFP le porte-parole du réseau Stéphane Lhomme. Le réseau écologiste, en publiant ce document, souligne d'autre part que le classement "secret défense" de ce type d'information "ne réduit en rien la vulnérabilité du nucléaire face à d'éventuels attentats (...), tout en interdisant aux militants associatifs d'informer leurs concitoyens sur les dangers du nucléaire"19.3.2.
Les questions de sûreté et d’environnement croisent également celles de la santé, avec l’installation prévue d’une ligne à très haute tension pour distribuer l’électricité produite par le nouveau réacteur.