Les protocoles scientifiques qui servent de fondement aux décisions d’autorisation de mise sur le marché sont au cœur de la controverse sur la place des pesticides dans la surmortalité des abeilles.
Une des critiques soulevée par la plupart des acteurs de la controverse vient du fait que les moyens mis à disposition pour les expériences sont assez limités. Les recherches butent souvent. Les difficultés rencontrées sont liées à la façon de mettre en place un suivi efficace des abeilles d’une ruche pour observer leur éventuel changement de comportement mais aussi à d’autres facteurs comme la décomposition rapide des corps d’abeilles après leur mort.
Les conclusions des investigations sont souvent 
laissés en suspens dans l’attente de nouvelles avancées qui permettraient de trancher avec plus de certitudes. Ce n’est que très récemment qu’un équipe française – codirigée par Mickaël HENRY (INRA), et Axel DECOURTYE, écologue pour le réseau des instituts des filières agricoles et végétales (ACTA) a placé avec de la colle à dent une minuscule puce de radio-identification (RFID) sur le thorax de 653 abeilles mellifères. Ces mêmes chercheurs expliquent dans L’étrange silence des abeilles publié par Vincent TARDIEU en 2009 que « de toute façon en 1992, nous n’aurions sans doute rien vu ! », la faute aux limites techniques de l’époque qui sont encore d’actualité. On peut donc se poser la question de savoir si les recherches menées habituellement sont misent en œuvre de façon efficace.
C’est là que le fait d’envisager une cause multifactorielle ou de synergie de pesticides à l’origine du phénomène de disparition pose un réel problème. En effet il n’est pas du tout prévu lors de l’homologation d’un produit de tester les insecticides en les associant à d’autres facteurs de risques comme le varroa ou d’autres produits déjà sur le marché et susceptibles d’être en mis en contact dans la pratique.