La mise en application du Nutri-Score a connu une certaine opposition. Cela est expliqué par un manque d’informations prodigués par cet étiquetage, ce qui a eu pour effet certaines critiques. C’est également le cas pour le NutriCouleurs, utilisé par certains industriels agroalimentaires malgré le fait que le gouvernement ait conseillé le Nutri-Score.
De plus, le rôle de l’étiquetage nutritionnel simplifié en lui-même sur l’alimentation des consommateurs a aussi été mis en doute, notamment par l’ANSES.