L’AFSSA (Agence française de sécurité sanitaire des aliments) a été fusionnée le 1er juillet 2010 avec l’AFSSET (Agence française de sécurité sanitaire de l’environnement et du travail) pour former l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail). Au moment où des demandes d’expertise ont été formulées au sujet d’Amflora (vers 2005), c’était une agence d’expertise au même titre que l’EFSA, placée sous la tutelle des ministères chargés de la santé, de l’agriculture et de l’environnement. Elle était sollicitée par plusieurs autorités compétentes pour des missions d’expertise et de recherche concernant des questions sanitaires. Son fonctionnement diffère de celui de l’EFSA. En effet, après une demande d’expertise de l’AFSSA, deux rapports sont publiés : celui du panel scientifique et celui de la direction de l’agence. Ce dernier s’inspire fortement du premier mais contient des commentaires supplémentaires. Pour l’EFSA, le rapport publié est directement celui du panel scientifique. Il n’y a pas d’intervention d’une hiérarchie supérieure.
C’est l’EFSA qui est chargée de procéder à l’évaluation des dossiers concernant les denrées alimentaires et les aliments pour animaux génétiquement modifiés et de rendre un avis à la Commission européenne. Elle a donc rendu son rapport d’expertise à l’institution européenne en 2005. Cependant, ce comité a décidé de mettre à la disposition des États membres de l’Union Européenne ses observations. Afin d’obtenir un autre avis que celui de l’EFSA concernant le dossier d’autorisation de mise sur le marché de pommes de terre Amflora, la Direction générale de concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes en France a fait une demande d’expertise à l’AFSSA le 21 juillet 2005.
Pour réaliser son étude concernant Amflora, l’AFSSA a consulté le HCB (Haut Conseil en Biotechnologies) lors d’une réunion le 8 septembre 2005. Au terme de son expertise, l’AFSSA a donné son avis dans un rapport publié le 16 septembre 2005. Elle estime que les données fournies dans le dossier initial relatives à l’analyse de la construction génétique de la pomme de terre permettent d’écarter un éventuel risque sanitaire lié à la consommation par l’homme et par l’animal de la pomme de terre génétiquement modifiée Amflora.