L’EMEA (Agence européenne des médicaments) a été créée en 1995 afin d’évaluer, de coordonner et de superviser le développement des nouveaux médicaments à usage humain et vétérinaire dans l’Union européenne.
En 2007, la controverse concernant Amflora a été ravivée car cette pomme de terre contient un gène marqueur conférant une résistance à un antibiotique médical. En vertu de la réglementation européenne, la commercialisation de plantes génétiquement modifiées ne peut être autorisée que si elles ne comportent pas de gènes de résistance à des antibiotiques ayant une importance médicale. La Commission européenne a donc décidé en mars 2007 de demander à l’EMEA un avis consultatif sur les risques de résistance à ce gène. Ainsi, l’avis émis par l’EMEA vient compléter celui donné au préalable par l’EFSA. Cela signifie que la Commission européenne n’a pas jugé suffisant l’avis d’un comité d’expertise.
L’Agence européenne des médicaments (EMEA), a estimé que les gènes marqueurs pouvaient procurer une résistance à certains antibiotiques et que, par conséquent, Amflora pouvait constituer un risque pour la consommation humaine. Suite à cet avis, l’EFSA s’est prononcée en ces termes : étant donné que le transfert de la résistance des plantes transgéniques à des bactéries était hautement improbable et que le gène marqueur concerné ici était déjà largement répandu dans la nature et présent chez la plupart des bactéries intestinales, «Amflora est sûr pour l’alimentation humaine, animale et pour l’environnement». Ainsi, on peut voir qu’au niveau des institutions chargées de créer de l’expertise, les avis divergent dans le cas d’Amflora.