Comme nous l’avons détaillé, la méthode de mesure de la biodiversité relève d’un choix. Cependant, c’est aussi le cas de la méthode d’application de ce prix, car deux possibilités s’offrent le plus couramment. D’une part, la taxation: on fait payer le prix de ce qui a été détruit ou endommagé, ou l’on récompense pour la préservation. D’autre part, la compensation: on demande de rendre à la nature l’équivalent de ce qu’on lui a enlevé.
De nombreux critères permettent de trancher, mais les problèmes soulevés par les différentes applications sont nombreux. En effet, ils vont jusqu’à questionner la légitimité de la mesure. Il ne s’agit donc évidemment pas de simplement payer après avoir mesuré.