L’ampleur du projet Linky (installation sur tout le territoire français, 35 millions de foyers équipés à terme) génère des problématiques importantes de santé publique. Tout effet néfaste pour la santé de l’utilisateur ou risque créé par le compteur verra ses effets multipliés à une échelle nationale. De nombreuses études ont donc été faites pour prévenir de telles éventualités.

La première volonté d’ERDF était d’éviter une controverse centrée sur le problème des ondes émises par Linky. L’installation de compteurs intelligents au Québec et dans le Nord des États-Unis leur a montré les risques de santé publique liés à certaines technologies. Pour plus de détails, voir la page consacrée au Québec.
La société a donc mis en place un système différent et des technologies plus avancées, qui lui permettent d’apporter une solution à ces problématiques. Il est important de noter cependant que ces solutions proviennent notamment de différences intrinsèques entre les deux pays. De même, se référer à l’article dédié.
Cependant, ces solutions ne sont pas parfaites. De nombreux problèmes subsistent encore dans la version finale du compteur. Plusieurs associations de consommateurs, comme Robin des Toits, dénoncent notamment un rayonnement électromagnétique accru au niveau des centrales, qui communiquent avec le réseau d’ERDF via un réseau proche de celui des téléphones portables. Voir la description détaillée pour plus d’information.