Le 3 janvier 2006, Gilles de Robien publie une circulaire intitulée Apprendre à lire, dans laquelle il stipule que « l'automatisation de la reconnaissance des mots nécessite des exercices systématiques de liaison entre les lettres et les sons et ne saurait résulter d'une mise en mémoire de la photographie de la forme des mots qui caractérise les approches globales de la lecture : [il attend] donc des maîtres qu'ils écartent résolument ces méthodes qui saturent la mémoire des élèves sans leur donner les moyens d'accéder de façon autonome à la lecture. »
Les méthodes analytiques sont ainsi désignées à la vindicte publique comme la source de tous les maux et sont de ce fait écartées ; simultanément, Gilles de Robien entend redonner toute son importance à une découverte progressive et structurée, depuis la lettre jusqu'à la phrase, ainsi qu'au principe du décodage, ce qui sont les bases mêmes de la méthode synthétique pure.
La circulaire met en avant des travaux scientifiques, issus de rapports de l'ONL, comme ceux de José Morais, de Liliane Sprenger-Charolles ou de Jean-Emile Gombert, qui sont cités intégralement. Gilles de Robien entend ainsi justifier ses directives et leur donner une « preuve scientifique ». Néanmoins, de nombreux experts, concernés par ces travaux, ont pris leurs distances vis-à-vis des positions du ministre et certains sont même allés jusqu'à dénoncer la « manipulation » des études scientifiques menée par le ministère afin de promouvoir la méthode synthétique pure.
C'est le cas notamment de la FNO et de neuroscientifiques tels Roland Goigoux.
De nombreux pédagogues et mouvements pédagogiques contestent la légitimité de l'analyse du ministre. Ils se fondent notamment sur les propos de Luc Ferry, qui dans sa Lettre à tous ceux qui aiment l'école affirme qu' « il est vain d'incriminer la fameuse « méthode globale », abandonnée pour l'essentiel depuis trente ans», ce que la lecture des textes officiels publiés depuis 1970 semble confirmer.
Quel poids donner alors aux affirmations du ministre et comment interpréter l'usage qu'il fait des rapports de l'ONL ? Peut-on avancer l'hypothèse d'une certaine influence des mouvements pédagogiques ?
Les premières déclarations aux médias de M. Xavier Darcos, le nouveau ministre de l'Education Nationale, ont été : « Je ne serai pas l'inspecteur des méthodes, je serai le ministre de l'évaluation des résultats. ». M. Darcos devrait ainsi se démarquer complètement de la politique de son prédécesseur et rendre aux enseignants la responsabilité de choisir leurs outils et leur méthode, opérant par conséquent une bascule idéologique complète et un retour vers les politiques éducatives telles qu'elles étaient en 1995.