La maladie de Lyme se manifeste par de très nombreux symptômes. Toutefois, tous n’apparaissent pas toujours, ce qui rend la maladie très dure à identifier. De plus, nombre de ces symptômes ne sont pas spécifiques à cette maladie et parfois ils ne sont pas quantifiables par les médecin (on dit qu’il sont subjectif, la fatique est un exemple)
L’érythème migrant
La marque la plus caractéristique de la présence de bactéries borrelia introduites par une tique s’exprime sous la forme d’un érythème migrant qui entoure la piqûre. La détection de cette tâche conduit directement à poser le diagnostic de Lyme, sans autres examens, ni sérologie.
Cet érythème apparaît quelques jours après la piqûre et grandit alors peu à peu. C’est le meilleur signe de la présence d’une infection par des borrélies. Toutefois, il n’apparait pas chez 20 % des patients.
De plus, c’est un symptôme temporaire, il disparait après quelques jours ou semaines. Le malade peut ne pas le repérer ou le confondre avec une plaque d’eczéma.
Symptômes au stade primaire
La maladie peut se manifester dans les jours suivant la piqûre au travers de fièvres, de maux de têtes et de fatigues consécutifs à l’activation du système immunitaire. Ce sont parfois aussi des douleurs articulaires qui apparaissent rapidement, ou des manifestations neurologiques (photophobie par exemple).
Cependant ces symptômes n’apparaissent pas toujours, et peuvent être liés à de nombreuses infections autres que Lyme. De plus, le temps d’incubation de la maladie peut considérablement varier, de quelques jours à plusieurs semaines.
Symptômes au stade secondaire
Si la maladie n’est pas traitée rapidement aux antibiotiques, des manifestations plus graves peuvent apparaître. Il s’agit alors de troubles neurologiques, articulaires ou musculo-squelettiques. On divise parfois la maladie en deux formes cliniques :
- les neurroborélioses, qui se manifestent par des symptômes neurologiques tels que des paralysiesfaciales, des maux de têtes ou des méningites.
Arthrite au genou [16] 
Séquelle de paralysie de Bell [15] - les arthrites de Lyme, qui se manifestent par des douleurs aux articulations (genoux, épaule, coude). Ces symptômes apparaissent parfois très longtemps après l’inoculation de la bactérie. Par ailleurs, il n’est pas impossible que certains d’entre eux ne soient pas directement dus à Borrelia, comme semblent le montrer certains tests.
En tout, ce ne sont pas moins de 46 principaux symptômes distincts que peuvent provoquer cette maladie, ce qui la rend très dure à diagnostiquer avec certitude.
Symptômes au stade tertiaire
Enfin, les associations de malades se battent pour que soit reconnue à part entière une forme tertiaire de la maladie, qui ne serait pas guérie par la cure normale d’antibiotique, et dont les symptomes seraient à la fois longs et handicapants. Des témoignages décrivent ainsi des malades extrèmement faibles et fatigués, incapables de travailler ou d’étudier, n’arrivant parfois pas même à se lever. Devant la non amélioration de leur condition, s’ajoutent souvent à cela des troubles psychologiques (dépressions par exemple). Si ces douleurs et ces malades sont reconnus, il n’est pas certain que ces symptômes soient directement liés à Lyme. Devant le manque de preuves et de tests concluant, les partisans de l’evidence based medecine préfèrent rester prudent, et attribuer ces symptômes à des mécanismes encore incompris, ou à d’autres maladies transmises par les tiques.