En octobre 2008, Olivier Ameisen publie le livre Le Dernier Verre qui déclenche une énorme polémique dans le monde médical. Dans ce livre, Ameisen décrit la façon dont il s’est auto-administré des posologies d’un médicament jusque là peu utilisé dans le traitement contre l’alcoolodépendance, le baclofène. L’une des raisons de cette controverse tient au fait qu’Olivier Ameisen est un cardiologue réputé qui a bravé les interdictions médicales et qui a contourné le raisonnement médical classique dans l’acceptation d’un médicament. Il est en effet passé outre les processus normaux imposés par l’ANSM (à l’époque dénommée l’Affsaps) qui oblige à un contrôle rigoureux de la sécurité des médicaments ainsi qu’à leur efficacité prouvée dans des études : or, en 2008, très peu d’études ont été menées et le baclofène n’est prescrit que pour des problèmes musculaires, les fortes posologies n’ayant jamais été considérées.
Dans son livre, Ameisen dénonce le faible taux de réussite des médicaments conventionnels qui ne lui ont jamais réussi et qui l’ont au contraire mené d’échec en échec à envisager une autre thérapie. Il décrit par exemple les palpitations qu’il a eues un jour où il a consommé de l’alcool alors qu’il était sous Espéral et les épreuves qu’il a vécues avec d’autres traitements non conventionnels comme l’hypnose, l’acupuncture et l’homéopathie.
Il accuse ouvertement un manque de soutien de la part de ses collègues médecins qui ne lui ont pas rendu de visite lorsqu’il était à l’hôpital et d’une absence de structure rassurante d’accompagnement lors du processus de sevrage. « À vrai dire, [les médecins auxquels j’ai eu affaire] me sapaient plutôt le moral. […] Pas un seul de mes proches collègues n’est venu me voir pendant mon hospitalisation, alors que la règle était de rendre visite à tout collègue hospitalisé. » Il attaque aussi le système de santé et la réaction du public à l’alcoolodépendance, en disant que c’est une des rares maladies pour laquelle les gens sont tenus responsables et qui provoque un isolement progressif des malades.
Ameisen ne nie pas l’angoisse et l’anxiété à l’origine de cette alcoolodépendance mais les utilise au contraire comme arguments qui viennent soutenir sa thèse que l’alcoolodépendance est une maladie biologique, tout en rejetant la thérapie rationnelle qui repose sur la volonté du patient : « nous buvions pour soulager une douleur ancienne, souvent liée à l’anxiété ou à des troubles de la personnalité et de l’humeur. C’est par la médecine qu’il fallait y remédier, les pensées positives et la volonté n’y feraient rien. »
Le Dernier verre adopte ainsi la forme originale d’un journal de bord qui suit au quotidien un patient qui est aussi son médecin et divise le monde médical et principalement les grandes Agences de Santé, l’Afssaps et la SFA. Celles-ci l’accusent de simplifier une maladie complexe et d’en nier certaines causes, ce qui lui permettrait d’évincer un processus thérapeutique qu’Ameisen dénonce comme étant défaillant.