Avant même d’être considéré comme un moyen de production, le palmier à huile doit être envisagé en tant qu’espèce végétale, c’est-à-dire un arbre qui nécessite un sol pour pousser. Si l’on dépasse la simplicité apparente de ce raisonnement, il apparaît que cette nature végétale peut mener à des conflits, car les conditions optimales pour son développement sont celles de la ceinture tropicale. On retrouve ainsi le palmier sur trois continents : en Asie de Sud-Est, en Afrique équatoriale et en Amérique centrale et du Sud. Or ces zones sont également celles où l’on trouve les dernières grandes forêts primaires de la planète, réserves immenses de biodiversité.

De ce fait, les ONG reprochent aux compagnies qui gèrent les plantations de déboiser impunément des forêts qui devrait rester, selon elles, vierges, ce à quoi les producteurs répondent que c’est un mal nécessaire au développement du pays, remettant en question les chiffres alarmistes avancés par des acteurs étrangers. Par ailleurs, la controverse n’en reste pas au fait de déboiser quoi, plus ou moins et pour quel motif, mais en vient à toucher les conséquences-mêmes de la déforestation : en premier lieu les émissions de dioxyde de carbone, dont l’importance varie selon les sources, et en seconde lieu la perte de biodiversité. Les études concernant la biodiversité présente sont en effet sujettes à divergence : si les uns affirment que les plantations détruisent la faune et la flore locales, les autres répliquent que de nombreuses espèces sont présentes sous les palmiers.